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A pesar de que Boquiñeni es una localidad con un amplio pasado no se conservan restos arqueológicos de importancia ya que nunca se ha excavado en los numerosos yacimientos arqueológicos que cuenta la localidad. Boquiñeni figura en el Itinerario de Antonino, antigua guía romana de carreteras oficiales, menciona numeroso lugares del actual Aragón. Entre ellos se halla Caravi, su nombre coincide con la ceca cararues. Se discute si estuvo en Boquiñeni, Magallón o Mallen.

Tampoco se conservan restos de su pasado musulmán, ya que es muy posible que el origen de la población de Boquiñeni se halle precisamente en un pequeño núcleo de casas construidas en unos terrenos de labor propiedad de un musulmán llamado Abú-Qinaní, nombre propio de persona, que ha sobrevivido transformado en el de Boquiñeni.

La Encomienda de la Orden del Temple de Boquiñeni, fue una de las casas más antiguas del Temple en Aragón, aunque en el siglo XIII será regida por el comendador de Novillas mas tarde formo una encomienda independiente que aparece documentada en 1148 con posesiones en Boquiñeni. Su historia estuvo unida durante la Edad Media a la orden del Temple y, tras la disolución de ésta en 1312, a la del Hospital, bajo cuya jurisdicción permaneció hasta 1452. Pero tampoco de este pasado quedan restos arqueológicos

Puede visitarse La iglesia parroquial de la Asunción, que sustituyó a una anterior que fue derruida, que aunque no tiene estilo definido cuenta en su interior con dos retablos-fachadas dedicados a San Francisco Javier (siglo XVI) y a la Virgen del Rosario (con talla de la titular del siglo XVII); La pila bautismal de la antigua iglesia parroquial se halla en el nuevo templo.

Hay también ermita dedicada a San Miguel, a la que los vecinos acuden en romería para San Isidro (15 de mayo) y Santo Cristo (24 de mayo).

En unos meses se podrá visitar el Museo del Ebro, que lo albergara la caseta de bombeo conocida como “Los Motores”, que fue construido en 1920 por el Ayuntamiento y el Sindicato de Riegos y en su interior conservan los antiguos motores alemanes que bombeaban agua para el riego de los campos de cultivo. Actualmente el Ayuntamiento de Boquiñeni con la colaboración de la DPZ esta recuperando el edifico y construyendo en los aledaños una nueva zona de ocio.
Como construcción emblemática del Canal Imperial de Aragón. figura el puente de Boquiñeni en el km 33. Es un puente en el que se puede apreciar su obra de fabrica en las proximidades del Barranco de la Canaleta.

De las construcciones o instalaciones hidráulicas que daban servicio al Canal Imperial de Aragón. en Boquiñeni puede visitarse la Almenara del Reguero, una obra de fabrica característica, en un tramo del citado canal, que salva el desnivel del Barranco del Soto del Carrizal, próximo al termino municipal de Boquiñeni, siendo intención del Ayuntamiento de Boquiñeni que se incluya dentro del B:I.C

En nuestro termino se puede gozar de la posibilidad de cruzar el Ebro en barca de sirga. Esta Barca Virgen del Rosario fue inaugurada en el año 2003 y es replica exacta de la que se desde el siglo pasado se usaba para unir las localidades de Boquiñeni y Pradilla. Esta barca lleva el emblema y escudo de Boquiñeni y recupera una actividad (paso del río Ebro en barca de madera mediante el procedimiento de sirga) que ha sido siempre patrimonio de Aragón. En el año 2008 fue adquirida por el Ayuntamiento de Boquiñeni con el objeto de dedicar su uso a actividades lúdicas y turísticas e integrarla en el proyecto del Museo del Ebro como eje del corredor turístico proyectado