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Boquiñeni esta dotado de excelentes medios hidrográficos. El principal curso de agua en el ámbito municipal y eje vertebrado del territorio es el río Ebro.

El río Ebro ha excavado en el relleno de la depresión terciaria un valle extenso, favorecido por la escasa resistencia a la erosion .

Las acumulaciones detríticas corresponden a antiguos lechos del río forman un conjunto de rellanos escalonados en bandas longitudinales y paralelos al eje fluvial. Las llanuras de inundación, que suelen englobar los niveles mas recientes, corresponden a los depósitos de canal (gravas y arenas) y de desbordamiento. Las gravas son rapidamente colonizadas por la vegetación (mejanas).

En el termino municipal se sitúa el Embalse de la Loteta, próximo a la autopista vasco-aragonesa en el km 254,5 y la carretera nacional 232, contretamente en el Barranco del Carrizal. Tiene una capacidad de 105 Hm3. Frente al aporte natural de la cuenca drenante del Barranco del Carrizal que abarca solo 25km2, el embalse se llena con agua procedente de Yesa, mediante conducción de la acequia de Sora, y Canal Imperial de Aragón

Destaca la presencia del Barranco del Carrizal en la margen derecha, originado durante la evolución del río Ebro y la red de drenaje a el afluente,El Barranco del Carrizal se integra con los habitats considerados como prioritarios y de interes comunitario, por contener especies con valor de conservación asociadas a ecosistemas esteparios.

También se localizan cicatrices de antiguos meandros abandonados, carente de laminas de agua y cubiertos por carrizales, en el enclave de “Galacho de Los Fornazos”, localizado en la margen derecha del Ebro, en los términos de Boquiñeni y Pradilla, al pie del escarpe formado por una antigua terraza fluvial que proporciona una extraordinaria panoramica. De una antigüedad superior a 2000 años y alimentado por las aguas del freático, conserva una superficie de 10/15 Has fundamentalmente de titularidad municipal.

El antiguo cauce aparece totalmente colonizado por un carrizal con pequeñas manchas de anea… Durante la primavera una mancha verde cubre el espacio y numerosas aves construyen aquí sus nidos. Hasta fechas recientes este humedal padeció agresiones que lo alteraron profundamente. En el año 2006 la Confederación Hidrográfica del Ebro estableció un acuerdo con el Ayuntamiento de Boquiñeni para el desarrollo de un proyecto de restauración y conservación de este espacio natural. Actualmente el mirador realizado ofrece una panoramica sobre este paraje y ofrece unas vistas espléndidas.

El Ebro en el tramo fluvial que discurre por el municipio describe un amplio meandro y recibe solo aportaciones de escorrederos y acequias de riego. Su característica relevante son sus crecidas periódicas, con importantes incrementos de caudales y avenidas con desbordamientos que tienen una gran importancia en este municipio por afectar al núcleo de población así como a los campos de cultivo.

El Canal Imperial de Aragón, sustituyo al riego a través de la acequia de Luceni, es un cauce artificial que se acabo de construir en 1786. Su trazado en el termino municipal separa el secano del regadío, discurriendo por cotas altas para poder regar las tierras por gravedad. El canal imperial se construyo con funciones de riego, agua de boca y navegación, si bien hoy solo cumple las dos primeras funciones, fue la principal causa del asentamiento de la población en la localidad. Las tierras regadas por el Canal Imperial de Aragón se sitúan casi en su totalidad en su margen izquierda.

Madoz en su diccionario geográfico de 1846 dice así: “ Boquiñeni esta atravesado de N.O a S.E por el río Ebro… que en el verano presenta algunos vados. Las aguas que fertilizan este término no son sin embargo las del mencionado río, ya que utilizan para estos menesteres las del Canal de Aragón, que se lo proporciona por medio de acequias tomadas de los pueblos inmediatos. Los vecinos se sirven para beber y demás usos domésticos, y abrevadero de bestias y ganados, de las aguas del estanque llamado Hornazos, y algunas fuentes que brotan del termino”.

En la actualidad también ayuda en el riego del término “Los Motores” que desde su puesta en marcha por el Sindicato de Riegos en 1925 extraen, en los meses de verano cuando el agua del canal es insuficiente, por medio de un complicado funcionamiento agua del río

El agua de boca, proveniente antiguamente del Galacho de los Fornazos y fuentes que brotaban en el término, se obtuvo en la antigüedad de pozos particulares, hasta llegar al suministro actual obtenido de la fuente llamada de la “salud” y del Canal Imperial de Aragón.

Ver Folleto de los Galachos

Este emplazamiento privilegiado hace que las crecidas del Ebro, que cada vez se producen con mayor asiduidad, produzcan daños y perjuicios muy graves. El agua se ha situado en algunas ocasiones hasta las casas de la localidad, ha anegado campos de cultivo y producido grandes perdidas económicas. En la actualidad la construcción de las defensas, diques de tierra que rodean practicamente todo el casco urbano, remedian en parte el peligro para la población pero no hacen lo mismo con los campos.